魔力を持つ『希霊石』の力を引き出す機械『マジッククラフト』が発明され間もない時代。

港町サイドベイタウンに住む少年ダンは、マジッククラフト職人の少女ニナと出会う。

レアな『A級希霊石』を探しているという彼女に力を貸すダン。

しかし展開は予想外の方向に……。